Từ một tai nạn tưởng như vô tình trong cốt truyện Resident Evil, hơn một trăm ngàn người vô tội đã phải bỏ mạng vì T-virus.
Raccoon cũng là cột mốc đầu tiên đánh dấu cho sự khởi đầu của một cuộc chiến dai dẳng, giữa các thành viên S.T.A.R.S và vô số những tên phản diện điên cuồng, hậu quả của mấy chục năm nuôi dưỡng từ cái tập đoàn vô nhân tính mang tên Umbrella.
S.T.A.R.S và kẻ phản bội ở núi Arklay
S.T.A.R.S là viết tắt của Special Tactics and Rescue Service – tạm dịch: biệt đội phản ứng chiến thuật và cứu hộ, ý tưởng của nó bắt đầu nhen nhóm vào giữa năm 1990, khi thành phố Raccoon phát triển quá mạnh và cần một lực lượng hành pháp độc lập, hỗ trợ cảnh sát trong những nhiệm vụ cả trong lẫn ngoài thành phố.
Vào năm 1996, thị trưởng thành phố ông Michael Warren bắt đầu khởi động chiến dịch xây dựng một loạt các cơ sở hạ tầng mới, trong đó có cả lực lượng hỗ trợ cảnh sát. Chiến dịch này hoạt động dựa trên các nguồn vốn hỗ trợ từ tư nhân, thay vì tiền thuế của thành phố.
Không khó để nhận ra Umbrella là người đứng sau việc này, khi chính công ty này đã bỏ tiền cho chiến dịch tranh cử của thị trưởng Michael Warren trước đây, nhằm đưa tất cả những người có quyền lực nhất của Raccoon về phe mình. Dựa vào nguồn vốn khổng lồ của mình, Umbrella đã giới thiệu Albert Wesker làm đội trưởng của lực lượng mới, người còn lại là Enrico Marini – cựu lính đặc nhiệm.
Đội S.T.A.R.S chính thức được thành lập sau đó không lâu, nó là tập hợp của các cựu chiến binh, kỹ sư, quân y và hacker, với trang bị và nhân sự vượt trội hơn hẳn cảnh sát. Nó được chia làm 2 đội với tổng cộng 12 con người cực kỳ ưu tú, Albert Wesker làm đội trưởng đội Alpha còn Enrico Marini là đội trưởng đội Bravo. Với việc có Wekser cùng với Brian Irons (sếp lớn bộ phận cảnh sát), Umbrella coi như đã nắm toàn quyền kiểm soát lực lượng hành pháp của thành phố Raccoon trong tay.
Vào tháng 5/1998, trạm nghiên cứu dưới lòng đất núi Arklay gặp một tai nạn nghiêm trọng, khi các mẫu vật nghiên cứu bị sổng ra ngoài, giết chết cơ số các nhân viên tại đây, trước khi tiếp tục tàn sát những người dân Raccoon vô tình đi ngang qua. Trong suốt 2 tháng trời điều tra, phía cảnh sát đều không tìm ra bất kì manh mối nào, do đó sếp Brian Irons đã chuyển vụ này cho S.T.A.R.S.
Trên thực tế nhiệm vụ này do Umbrella đứng sau, khi bọn họ nhận thấy việc có thể bị lộ các nghiên cứu tại đây, do đó Wesker đã được giao nhiệm vụ, dẫn dụ các thành S.T.A.R.S đi tới Arklay và giết chết họ tại đó như một tai nạn. Một nhiệm vụ khác quan trọng hơn cho Wesker, đó là thu thập các mẫu B.O.W còn sót lại, cũng như sử dụng S.T.A.R.S như vật thử nghiệm cho những con quái vật này, vào ngày 23/7/1998, chiến dịch chính thức bắt đầu và đội Bravo lên đường trước. Tính theo mốc thời gian của game thì đây là bắt đầu game Resident Evil 0.
Hơn nữa bản thân Albert Wesker và William Birkin từ thời điểm này đã có ý định muốn rời khỏi Umbrella, vốn hai người này được giao nhiệm vụ mở lại trung tâm cũ, để đào tạo các lứa nghiên cứu sinh tiếp theo cho công ty. Nhưng nếu như William Birkin đang đắm chìm trong việc nghiên cứu G-virus, cũng như nghi ngờ Umbrella có ý định cướp lấy thành quả của mình, thì Albert Wesker đã muốn phản bội từ lâu.
Trước khi S.T.A.R.S bị dụ tới núi Arklay, hai người này đã lên sẵn kế hoạch và chuẩn bị rời đi. Để có thể tăng cơ hội sống sót, Wesker đã tự tiêm Prototype Virus vào người, đây là biến thể cấp cao của T-virus trong cốt truyện Resident Evil, vốn được William Birkin đưa cho hắn.
Do đã có sự chuẩn bị từ trước, nên Wesker đã cố tình phá hoại động cơ máy bay trực thăng của đội Bravo, may mắn là họ vẫn kịp hạ cánh bên ngoài bìa rừng núi Arklay. Đội trưởng Enrico Marini nghi ngờ có ai đó bên phía Alpha là kẻ phản bội, do đó anh ta để người lái trực thăng là Kevin Dooley ở lại cảnh giới, còn cho cả đội tản ra đi tìm manh mối.
Ngay khi các thành viên Bravo rời đi, Kevin Dooley bị tấn công tới chết bởi một đám Cerberus (chó Zombie). Nhân vật chính trong cốt truyện Resident Evil 0 là Rebecca Chambers – thần đồng 18 tuổi trong lĩnh vực sinh hóa, được bổ nhiệm làm bác sĩ mới của đội Bravo. Trong lúc đi sâu vào rừng, đội trưởng Enrico Marini tìm thấy một xe cảnh sát với hai xác chết, đây là những cảnh sát đang áp giải Billy Coen – một tội phạm chiến tranh, chính vì vậy mà ngoài việc tìm kiếm kẻ phản bội, đội Bravo còn phải để mắt tới cả Billy Coen nữa.
Thực tế tình hình tại Arklay lúc đó phức tạp hơn các thành viên S.T.A.R.S tưởng rất nhiều, thảm họa ở núi Arklay bắt nguồn từ tiến sĩ James Marcus – hay nói chính xác hơn là cái xác còn lại của ông ta từ khi bị giết vào năm 1978, nó đã được một sinh vật có tên là Queen Leech hấp thụ để biến thành chính James Marcus.
Queen Leech ra đời vào năm 1988, nó là thành quả của việc thí nghiệm Progenitor virus trên những con đỉa để tạo thành T-virus, trong quá trình này James Marcus đã tạo ra một sinh vật với trí thông minh và khả năng hấp thụ cơ thể sống. Khi đội đặc nhiệm của Umbrella tấng công rồi vứt xác Marcus xuống rãnh nước, họ cũng ném toàn bộ thí nghiệm của ông ta đi cùng, trong đó có cả Queen Leech.
Bản thân Queen Leech khi đó chỉ là một con đỉa đột biến, nhưng nhờ vào cái xác còn sót lại của Marcus, mà nó đã tìm được một nguồn thức ăn mới. Queen Leech đã chui vào rồi từ từ hấp thụ cơ thể của vị tiến sĩ này, trong đó quan trọng nhất là thùy hải mã của ông ta, nơi chứa đựng các kí ức của Marcus khi còn sống.
Mất tới 10 năm để cái quá trình này hoàn toàn, sau khi đã có được kí ức của Marcus, Queen Leech đã biến đổi hình dạng thành ông ta lúc trẻ và tự coi mình chính là James Marcus. Trí thông minh của Queen Leech khi đó gần tương đương với con người, cộng thêm với những kí ức của Marcus, thì không có gì khó khăn khi con quái vật này có đủ khả năng để lên kế hoạch báo thù Umbrella.
Queen Leech tự coi mình như đấng toàn năng hay chúa cứu thế, nó phỏng theo những gì còn sót lại của Marcus trước lúc chết, đó là ông ta cũng bị vĩ cuồng cho rằng virus của mình sẽ dẫn dắt loài người. Những vụ tai nạn để rò rỉ virus, mẫu vật sổng ra ngoài hay các vụ tấn công ở núi Arklay, tất cả đều do Queen Leech một mình gây ra. Mục đích của Queen Leech là lan tỏa virus ra toàn thế giới, để tạo ra một viễn cảnh mà nó là sinh vật trên đỉnh cao nhất của chuỗi thức ăn.
Nhằm ngăn chặn mọi nỗ lực cứu hộ, Queen Leech đã thả những con đỉa tấn công vào Ecliptic Express – đây là mạng lưới các tàu điện cao tốc của Umbrella, để chuyên chở nhân viên và các vật thí nghiệm từ trạm nghiên cứu tới thành phố, nhằm tránh con mắt soi mói từ bên ngoài. Ecliptic Express bị các con đỉa của Queen Leech tấn công, gần như toàn bộ nhân viên đều bị biến thành Zombie.
Trở lại với Rebecca Chambers thì cô ta vô tình tìm được Ecliptic Express, cũng như cả tên tử tù Billy Coen. Trong tình huống toàn bộ hành khách trên tàu đều biến thành Zombie, nên Rebecca buộc phải hợp tác cùng với Billy để tự cứu lấy mình. Chuyến tàu này tiếp tục đi tới trạm nghiên cứu bỏ hoang của James Marcus trước đây, Rebecca cùng Billy quyết định đi sâu vào bên trong để tìm kiếm manh mối.
Tại trạm nghiên cứu này, Rebecca đã tìm thấy những tài liệu ghi chép, cũng như rất nhiều thí nghiệm bị bỏ lại của James Marcus, cô ta cuối cùng đã hiểu nguyên nhân của những con Zombie ngoài kia đến từ đâu, sự tồn tại của T-virus và những bí mật đen tối mà Umbrella không muốn cho người ngoài biết.
Về phần James Marcus hay nói chính xác là Queen Leech, nó cũng nhận ra sự có mặt của hai người khác mới này và bắt đầu thả những mẫu B.O.W còn sót lại ra nhằm săn lùng bọn họ, trong đó có một con Tyrant nguyên bản. Tuy vậy nhất cử nhất động của những người trong trạm nghiên cứu này, đều bị Albert Wesker và William Birkin giám sát qua màn hình camera.
Hai học trò của James Marcus kinh ngạc khi thấy ông ta vẫn còn sống, do đó để có thể xóa sổ mọi dấu viết, Wesker quyết định sẽ kích hoạt hệ thống tự phá hủy của trạm nghiên cứu. Rebecca cũng tìm được các tài liệu có nói về trung tâm đào tạo cũ của Umbrella, trong đó cô ta chú ý một cái tên Albert – trùng với đội trưởng Alpha, từ đây lời cảnh báo của Enrico Marini đã trở nên rõ ràng, trong S.T.A.R.S có kẻ phản bội.
Sau cùng Rebecca và Billy cũng chạm mặt mới thủ phạm đứng sau thảm họa núi Arklay, Queen Leech trong nhân dạng tiến sĩ James Marcus, con quái vật này bắt đầu kể lại toàn bộ các sự kiện trong quá khứ, từ việc Marcus bị Umbrella hạ sát cho tới khi những con đỉa chui vào hấp thụ kí ức của ông ta. Queen Leech sử dụng khuôn mặt của James Marcus thời trẻ, các ăn mặc của nó trông giống như một nhà truyền đạo, điều này ảnh hưởng bởi kí ức về tôn giáo của của Marcus, cũng như lý tưởng muốn trở thành “Chúa” của ông ta.
Sau cuộc nói chuyện ngắn này, Queen Leech cũng bỏ luôn cái xác của James Marcus để trở về hình dạng cũ, nó bắt đầu đuổi giết Rebecca và Billy. Hai người này vừa bắn vừa chạy lên bãi đáp trực thăng cũ của trạm nghiên cứu, vốn là một ngọn đồi nằm chếch ra phía ngoài. May mắn cho cặp đôi này điểm yếu của Queen Leech là ánh nắng mặt trời, cho nên họ đã dụ nó ra bên ngoài trước khi Billy bắn một viên đạn kết liễu con quái vật, đồng thời với trạm nghiên cứu nổ tung chôn vùi mọi thứ.
Tuy vậy cuộc hành trình của Rebecca vẫn chưa kết thúc, cô ta nhìn thấy dinh thự Spencer phía dưới và quyết định hội quân cùng các thành viên S.T.A.R.S còn lại. Về phần Billy Coen, trong quá trình đi cùng nhau Rebecca đã biết rằng anh ta vốn bị đổ oan bởi cấp trên, do đó cô sẽ viết một báo cáo giả nói rằng Billy đã chết. Hai người này chào tạm biệt, trước khi chia tay nhau.
Trong lúc đó đội Alpha dưới sự chỉ huy của Wesker cũng lên đường tới Akrlay, nhằm hỗ trợ cho Bravo khi liên lạc của bọn họ bị cắt đứt. Các thành viên Alpha nhanh chóng tìm được xác viên phi công Kevin Dooley, lúc này đã bị giết chết và hóa thành Zombie.
Bọn họ tiếp tục bị những con Cerberus tấn công, khiến bốn người của đội Alpha là Jill Valentine, Chris Redfield, Barry Burton và cả Wesker phải lui vào dinh thự Spencer tìm chỗ trốn, riêng viên phi công Brad Vicker do quá hoảng sợ, nên đã lái máy bay bỏ chạy trước mặc kệ đồng đội. Đây là thời điểm bắt đầu cốt truyện Resident Evil đầu tiên (phiên bản 1996), với 2 nhân vật chính là Jill Valentine cùng Chris Redfield.
Các thành viên Alpha quyết định chia nhau ra tìm kiếm trong dinh thự, họ phát hiện rằng toàn bộ chỗ này đều đầy rẫy Zombie, hơn thế nữa là rất nhiều sinh vật đột biến, những con B.O.W bị sổng ra ngoài của Umbrella mà không có người kiểm soát.
Cả dinh thự Spencer là một cái mê cung khổng lồ với hàng chục câu đố khác nhau, mục đích là để che mắt người ngoài về trạm thí nghiệm bên dưới. Cả Jill lẫn Chris đều mấy lần suýt chết với đủ loại bẫy rập này, bọn họ cuối cùng cũng phát hiện ra trạm nghiên cứu dưới lòng đất, nơi mà Umbrella cố tình che dấu các thí nghiệm của mình.
Chris Redfield cũng tình cờ gặp được Rebecca Chambers, cô ta cũng tìm đường đến dinh thự không lâu trước đó, sau đó không lâu anh ta gặp lại đội trưởng Bravo Enrico Marini – người đang bị thương tại một hang động phía sau dinh thự. Ban đầu Enrico Marini nghi ngờ Chris vì anh ta đã biết có kẻ phản bội trong đội Alpha, nhưng trước khi Enrico kịp tiết lộ điều này thì đã bị bắn chết. Thủ phạm chính là Wesker, khi hắn đã theo đuôi Chris suốt từ lúc anh ta bước vào dinh thự.
Trạm nghiên cứu ngầm dưới lòng đất giờ đây đã trở thành địa ngục, khi T-virus bị rò rỉ giết chết các nhân viên và biến họ thành Zombie. Đó là chưa kể tới đám B.O.W và những con Hunter đang đi lùng sục những ai còn sống sót, Chris còn bị Lisa Trevor bắt gặp. Sau thí nghiệm NE-a Type và chiết xuất G-Virus, William Birkin đã bỏ Lisa lại trạm nghiên cứu này, cô ta lang thang trong vô định với mục đích bản năng duy nhất là tìm lại mẹ mình. Chris không thể chiến đấu với Lisa, nhưng vẫn lừa cho con quái vật này tự nhảy xuống vực và tự thoát thân.
Khi đi tới phòng nghiên cứu trung tâm, Chris bắt gặp đội trưởng của mình Albert Wesker đang đứng trước nguyên mẫu của một sinh vật kì dị, với chiều cao trên 2 mét, cánh tay đầy móng vuốt và một quả tim khổng lồ nằm bên ngực phải. Đây là một con Tyrant thế hệ thứ 2 (T-002 Model), vốn Wesker muốn khởi động nó để tiêu diệt hết các thành viên S.T.A.R.S thì bị Chris bắt gặp.
Wesker cũng không thèm che dấu mà nói hết luôn kế hoạch của mình, từ việc bản thân vốn là người của Umbrella, việc dẫn hai đội Alpha cùng Bravo tới đây để giết một lượt, hơn nữa Wesker cũng nói luôn mình đã phản bội Umbrella, toàn bộ khu vực này đã bị cài thuốc nổ và sẽ chẳng bất kì dấu tích nào còn sót lại cả.
Chris bất lực nhìn Wesker thả con Tyrant ra ngoài, nhưng thay vì tấn công Chris, nó lại quay sang đâm chết Wesker đầu tiên. Con quái vật tiếp tục săn đuổi các viên S.T.A.R.S còn lại, Chris được Jill, Rebecca và Barry giúp đỡ chạy lên bãi đáp trực thăng. May mắn cho họ là viên phi công Brad Vickers đã quay trở lại, anh ta ném cho nhóm một khẩu rocker để hạ gục con Tyrant, sau đó đón tất cả rời khỏi dinh thự trước khi nó tan tành thành từng mảnh vụn.
Vụ nổ này coi như đã xóa sổ toàn bộ chứng cứ và tất cả các mẫu phôi B.O.W còn sót lại, về phần Wesker thì hắn vẫn chưa chết. Trong giây phút hấp hối bởi cú đâm từ con Tyrant, Prototype Virus trong cơ thể Wesker đã đột biến, đẩy nhanh tiến trình tái tạo tế bạo và cứu sống vật chủ.
Wesker đã sống lại theo đúng nghĩa đen, hắn đã được Prototype Virus lựa chọn, cơ thể của Wesker giờ đây đã vượt trên giới hạn của con người, thậm chí còn xa hơn cả một Tyrant – trở thành kẻ đứng trên đỉnh chuỗi thức ăn, đúng như mộng tưởng của tất cả những người đã tạo ra Umbrella.
Với cái sức mạnh này, không khó để Wesker trốn thoát khỏi dinh thự trước khi nó phát nổ. Lợi dụng thông tin về cái chết của mình, Wesker bắt đầu mưu đồ những kế hoạch lớn hơn rất nhiều, để trở thành ác nhân dai dẳng nhất trong dòng thời gian cốt truyện Resident Evil về sau.
Thảm họa thành phố chết Raccoon
Những thành viên sống sót của đội S.T.A.R.S trở về thành phố Raccoon vào ngày 25/07/1998, bọn họ ngay lập tức đi tìm sếp Brian Irons về những gì đã xảy ra tại núi Arklay, nhưng do đã được Umbrella báo lại từ trước, nên Brian Irons đã lấy lý do không đủ bằng chứng để hủy bỏ tất cả chất vấn của S.T.A.R.S.
Chris Redfield cảm thấy có cái gì đó không ổn, anh ta nghi ngờ về những kẻ phản bội trong cao tầng Raccoon đã bị Umbrella mua chuộc. Sau đó Chris đã cố tình gây gổ với đồng nghiệp, để nhận án phạt đình chỉ công tác, anh ta nhân cơ hội này xin nghỉ phép để sang Châu Âu du lịch, nhưng thực tế là bí mật điều tra về các chi nhánh Umbrella tại đây.
Rebecca Chambers cũng rời khỏi thành phố không lâu sau đó, Barry Burton thì quyết định chuyển gia đình của mình tới Canada trước, vì ông ta đã từng bị Wesker đe dọa tới tính mạng của người thân. Như vậy trong số các thành viên trở về từ núi Arklay, chỉ còn Jill Valentine và viên phi công Brad Vickers là còn ở lại Raccoon, đây là thời điểm bắt đầu cốt truyện Resident Evil phần 2 và 3.
Về phần Umbrella, sau khi không thể diệt khẩu các thành viên S.T.A.R.S tại núi Arklay, nỗi lo sợ về trạm nghiên cứu NEST bên dưới Raccoon, cũng như các thí nghiệm còn lại có khả năng bị bại lộ, do đó Umbrella đã ra quyết định phải xóa sổ toàn bộ vật chứng.
Umbrella yêu cầu tiến sĩ William Birkin phải giao ra G-virus và di chuyển, nhưng lúc này Birkin đã hoàn toàn chìm đắm trong việc nghiên cứu G, anh ta coi nó như thành quả lớn nhất của cuộc đời mình và không chịu giao nó lại cho Umbrella, vì tấm gương của chính James Marcus đã quá rõ ràng. Ngược lại Birkin đã bí mật liên lạc với lầu năm góc, anh ta sẽ chuyển giao các bí mật của Umbrella (trong đó có G-virus) cho chính phủ, để đổi lại sự an toàn cho bản thân cùng gia đình.
Do Birkin điên cuồng nghiên cứu virus, số lượng vật thí nghiệm thải ra từ NEST tăng lên đột biến. Trạm xử lý nước thải và chất độc hóa học của thành phố trở thành bãi rác cho Umbrella, nhưng do có quá nhiều nên một phần virus đã rò rỉ ra ngoài. Những con giun đất là sinh vật đầu tiên đột biến, tới giữa tháng 8 thậm chí còn có báo cáo về sự hoạt động bất thường của thú vật (đã bị nhiễm virus), xuất hiện bên ngoài thành phố.
Tới ngày 5 tháng 9, một lượng nhỏ virus đã chảy xuống hệ thống cống ngầm thành phố. Một số người dân bắt đầu có dấu hiệu nhiễm bệnh, nó tăng lên một cách đột biến cho tới ngày 15 tháng 9, tuy vậy bệnh viện Raccoon không thể biết được đây là chứng bệnh gì, họ chỉ có thể ghi nhận các triệu chứng lâm sàng như chảy máu dưới da, biểu bì căng cứng và có các hành động hung hãn bất thường. Tuy vậy tình hình còn chưa tới mức thảm họa, khi hầu hết các ca bệnh đều được cách ly.
Umbrella ghi nhận tất cả các thông tin này, do đó tới ngày 18 tháng 9, bọn họ chuẩn bị điều động đội UBCS (Umbrella Biohazard Countermeasure Service), với nhiệm vụ di tản nốt các nhân viên có thể bị kẹt lại trong thành phố.
Cùng lúc đó đội đặc nhiệm USS của Umbrella cũng được triệu tập, để cướp lấy mẫu G-virus từ tay William Birkin. Tình hình càng trở nên hỗn loạn hơn khi tin tức về G-virus bị truyền tới các đối thủ của Umbrella, đã có vô số gián điệp được cử tới Raccoon để mong giành giật lấy G-virus. Cái thời khắc thảm họa chuẩn bị xóa sổ cả một thành phố hơn một trăm ngàn dân, đang tới rất rất gần.
Vào đúng nửa đêm ngày 22 tháng 9 năm 1998, đội đặc nhiệm USS dưới sự chỉ huy của HUNK đã thành công đột nhập vào phòng thí nghiệm của William Birkin, bọn họ yêu cầu Birkin giao ra G-virus và tất nhiên anh ta từ chối. Trong nỗ lực tuyệt vọng nhằm bảo vệ đứa con của mình, Birkin đã bị các thành viên USS nổ súng tiêu diệt, cái valy chứa G-virus lẫn T-virus bị cướp mất.
Tuy vậy bằng một cách thần kì nào đó Birkin vẫn chưa chết, anh ta dùng chút hơi tàn cuối cùng tự tiêm vào người mẫu G-virus còn sót lại. Tác dụng của nó đến ngay lập tức, khi Birkin “sống lại” và từ từ đột biến thành một con quái vật kinh khủng nhất từng xuất hiện trong cốt truyện Resident Evil.
Con quái vật này được gọi tắt là “G-monster”, đã đuổi theo các thành viên USS xuống cống ngầm thành phố, tại đây nó tàn sát toàn bộ những gì trước mặt theo bản năng còn sót lại của Birkin. Cái va ly chứa virus bị đánh văng xuống đất, một lượng lớn T-virus chảy ra ngoài và bị những con chuột hấp thụ, đây chính là khởi đầu cho thảm họa của thành phố Raccoon.
Virus bắt đầu từ những con chuột chạy lên phía trên thành phố và bắt đầu cắn tất cả sinh vật chúng bắt gặp, trong đó có cả con người, nhưng nguồn lây nhiễm lớn nhất chính là tại hồ Victory – nơi cung cấp nước cho toàn bộ Raccoon. T-virus đã theo cống ngầm chảy ra hồ, chỉ trong một ngày 24 tháng 9 ngắn ngủi, đã có hơn 10 ngàn người dân Raccoon bị nhiễm virus, bắt đầu cho một chuỗi dây chuyền thảm họa.
Tình hình tại NEST cũng rất hỗn loạn sau vụ đột kích của USS, một số Hunter bị thả ra, cũng như vài kẻ cơ hội tìm cách đánh cắp G-virus để bán ra chợ đen. Tới buổi chiều ngày 23, cao tầng Umbrella đã có thông tin về vụ đột kích bất thành, Birkin đã giết chết gần như toàn bộ đội USS và quan trong nhất là việc virus bị rò rỉ ra thành phố Raccoon.
Thị trưởng Michael Warren là người nhận được tin này đầu tiên, việc duy nhất mà người đứng đầu thành phố đã làm, đó là ông ta trốn ngay lập tức, để lại cô con gái Katherine cho Brian Irons chăm sóc. Tuy vậy sếp Brian Irons đã gần như phát điên, khi biết rằng cái thành phố đáng tự hào của ông ta sắp trở thành địa ngục, thay vì tìm cách di tản dân chúng, gã cảnh sát trưởng biến chất này đã làm một việc vô cùng điên rồ, đó là phong tỏa mọi lối ra để tất cả cùng chết với nhau.
Tin tức về các vụ tấn công bắt đầu xuất hiện trên các bản tin vào ngày 24, trong đó nổi bật nhất là tại trận đấu bóng bầu dục giữa Raccoon Sharks và Old Court Thunders, đã có hàng chục “fan quá khích” lao vào sân tấn công các thành viên hai đội. Tuy vậy hầu hết người dân Raccoon vẫn đi làm và sinh hoạt bình thường, các vụ tấn công mặc dù xuất hiện ngày càng nhiều, nhưng sự mù mờ về Zombie cũng như thông tin từ cảnh sát, đã khiến cho không một ai có tâm lý đề phòng.
Virus phát tán rất nhanh và đến chiều ngày hôm đó, mọi thứ dần trở nên hỗn loạn, khi báo cáo về những vụ bạo lực tràn lan trên đường phố, đây thực tế là các người dân đã hóa thành Zombie bắt đầu đi cắn xé lung tung. Tại các quán bar ghi nhận nhiều trường hợp say xỉn quá khích, lúc này toàn bộ nhân lực của cảnh sát thay vì bình ổn tình hình, thì lại đi cấm đường và ngăn chặn dân chúng.
Thông tin về các vụ bạo động tại Raccoon đến tai tổng thống Mỹ, ông ta quyết định thiết quân luật xung quanh thành phố. Với việc không có sự trợ giúp từ bên ngoài, thì chẳng còn cơ hội sống sót nào cho các người dân tại đây nữa.
Trong ngày 24 và bước sang ngày 25, sếp Brian Irons tiếp tục có những mệnh lệnh nhằm đưa sở cảnh sát vào chỗ chết, đầu tiên ông ta ra lệnh phong tỏa tất cả các lối ra vào, tiếp theo đó là mang vũ khí từ kho phân phát ra nhiều nơi trong sở. Mục đích của việc này thoạt nhìn được giải thích nhằm chống bạo động, nếu có phần tử quá khích nào có thể đột nhập được vào bên trong sở cảnh sát, thì các nhân viên vẫn có thể tự phòng vệ theo từng khu vực.
Nhưng trên thực tế việc phong tỏa các cánh cửa nối giữa phòng ban khiến việc ứng cứu trở nên rất khó khăn, cộng thêm rất nhiều két sắt đặt vũ khí bị mất dấu do những người cầm chìa khóa bị giết hoặc biến thành Zombie, đã biến các nhân viên trong sở cảnh sát Raccoon không có đủ tài nguyên để ứng phó với những gì sắp xảy ra.
Mọi nỗ lực giải cứu kể cả bằng đường không đều bị vô hiệu, khi bác sĩ không thể phân biệt giữa những người dân bị bệnh và Zombie. Một chiếc Chinook trong khi chở 40 bệnh nhân đã rơi gần sở thú Raccoon, khi những người nhiễm bệnh biến thành Zombie. Từ đó trở đi chính phủ Mỹ cũng ra quyết định cấm di chuyển, với tất cả cư dân bên trong thành phố.
Đến ngày 26 tháng 9 thì tình hình coi như đã hoàn toàn tuyệt vọng, hàng chục ngàn người dân giờ đây đã biến thành Zombie, tạo thành những đàn xác sống khổng lồ trên các trục đường chính. Trong một nỗ lực cuối cùng, Marvin Branagh – chỉ huy của lực lượng cảnh sát còn lại và đội SWAT, đã tổ chức một cuộc phản công quy mô lớn bên ngoài trụ sở. Mục đích của Marvin Branagh là tạo ra một hàng rào ngăn cách, để những người còn sống sót có thể tìm tới trụ sở cảnh sát, qua đó giúp bọn họ di tản.
Tuy vậy vài chục cảnh sát cùng SWAT chỉ có trang bị shotgun và súng bán tự động, đã không có cơ hội nào trước hàng ngàn con Zombie, bọn họ bị tiêu diệt đến người cuối cùng, càng khiến cho tình hình trở nên tồi tệ hơn. Cùng ngày 26, bốn trung đội UBCS cũng được Umbrella triển khai tới Raccoon, mặc dù mang tiếng là nhiệm vụ giải cứu các nhân viên Umbrella bị kẹt lại, nhưng thực tế nhóm UBCS này là vật tế thần để thử nghiệm khả năng sống sót, cũng như việc những người lính được vũ trang đầy đủ có thể trốn thoát khỏi thảm họa Zombie hay không.
Sở dĩ có việc này vì UBCS vốn không phải do Umbrella đào tạo như USS, đây là tập hợp các lính đánh thuê, cựu binh đào ngũ và cả tội phạm chiến tranh… chủ yếu làm việc vì tiền, do đó Umbrella không ngần ngại thí UBCS. Thậm chí Umbrella còn nhân cơ hội thảm họa Raccoon, để thả những mẫu Hunter B và Hunter Y mới, cộng thêm một con Tyrant Nemesis-T Type với mật danh Pursuer để thử nghiệm triệt để.
Không có đủ thông tin và không lường trước những gì sẽ xảy ra, 90% quân số của UBCS đã bị giết chết ngay khi vừa chạm mặt lũ Zombie, số lính còn sống sót tản mác đi mỗi người một nơi. Tới ngày 27 tháng 9 khi Zombie đã tràn ngập thành phố, gần như không còn ai sống sót hoặc chưa bị biến đổi, lúc này Jill Valentine – một trong hai thành viên S.T.A.R.S còn ở lại Raccoon, đã quyết định phải mở đường máu khỏi căn hộ của mình.
Jill gặp viên phi công Brad Vickers trên đường tới trụ sở cảnh sát, lúc này con Nemesis đột nhiên xuất hiện và giết chết Brad chỉ với một cú đâm vào đầu. Nemesis là một Tyrant đặc biệt được cấu tạo với hai bộ não, một từ vật chủ và một từ kí sinh trùng NE-a Type, cho phép nó thực hiện các mệnh lệnh phức tạp với trí thông minh vượt trội các Tyrant thông thường. Nemesis được giao nhiệm vụ giết chết các thành viên S.T.A.R.S ở thành phố Raccoon, do đó trong suốt cốt truyện Resident Evil 3, nó chỉ tìm và tiêu diệt Jill Valentine bằng mọi giá.
Trong suốt ngày 28 tháng 9, Jill chạy trốn khỏi Nemesis và vô tình gặp được các thành viên còn sống của đội UBCS, bao gồm Carlos Oliveira, Mikhail Viktor và đội trưởng Nikolai Zinoviev. Ban đầu cô ta không muốn dính dáng tới bọn lính đánh thuê của Umbrella, nhưng về sau buộc phải hợp tác, vì Carlos nói rằng vẫn còn một cách thoát khỏi địa ngục này, nếu họ có thể rung chuông tại tháp đồng hồ trung tâm, làm dấu hiệu cho trực thăng tới đón.
Cũng trong 2 ngày 27 và 28 tháng 9, Ada Wong – điệp viên được công ty đối thủ Umbrella thuê cũng thành công đột nhập vào thành phố Raccoon, với mục đích ăn cắp G-virus. Mục tiêu của Ada là Ben Bertolucci, một tay nhà báo tự do có những thông tin từ nội bộ Umbrella về G-virus, nhưng trước khi Ben kịp bán nó đi thì đã bị Brian Irons tóm được và nhốt lại trong khu tạm giam của cảnh sát, điều này vô tình giúp hắn ta sống sót khỏi đại dịch Zombie diễn ra bên ngoài.
Cũng trong ngày 28 tháng 9, đội đặc nhiệm Delta của chính phủ Mỹ đã bí mật tiến vào Raccoon, theo thỏa thuận bảo vệ gia đình Birkin để đổi lại G-virus. Tuy vậy do nhầm lẫn về thông tin, bọn họ đã lạc tới trung tâm xử lý chất thải thành phố. Đội Delta bị 5 con T-103 đuổi theo và tiêu diệt toàn bộ, khẩu rail cannon Sword of Paracelsus vốn mang theo để chống lại G-monster còn chưa kịp khai hỏa.
Jill Valentine cùng với Carlos Oliveira khởi động lại một tuyến tàu điện đi tới tháp đồng hồ, họ bị Nemesis đuổi kịp và đánh trọng thương Mikhail Viktor. Biết mình không thể qua khỏi Mikhail đã giật chốt lựu đạn cùng chết với Nemesis, đoàn tàu tông thẳng vào khu vườn gần tháp đồng hồ. Jill sau đó đã rung chuông báo hiệu, nhưng ngay khi chiếc trực thăng vừa tới, Nemesis đã phá hủy nó bằng một khẩu rocket cầm tay.
Con Tyrant này tiếp tục săn đuổi Jill, mặc dù có thể đuổi nó đi nhưng Jill cũng bị nhiễm virus bởi các xúc tu từ Nemesis cào trúng, cô ta bất tỉnh nhân sự trong suốt ngày 29, may mắn là có Carlos Oliveira bảo vệ. Carlos để Jill lại trong tháp đồng hồ và đi tìm vaccine của thành phố, vốn dĩ các bác sĩ tại đây đã chế tạo ra vaccine chống virus, nhưng bọn họ lại bị Zombie giết chết trước khi kịp làm gì. Cũng trong quá trình tìm vaccine, Carlos biết rằng đội trưởng Nikolai Zinoviev là kẻ phản bội, hắn đã biết về kế hoạch của Umbrella và cố tình đưa thông tỉn giả, nhằm khiến các thành viên UBCS bị Zombie bao vây giữa đường.
Sang tới ngày 29, mọi tuyến đường vào Raccoon đã bị bị kít, nhưng vẫn có vài người đi xuyên đêm từ trước đó để tới địa phận ngoại ô, đó là hai nhân vật chính trong Resident Evil 2 là Leon Scott Kennedy và Claire Redfield. Leon là lính mới của đồn cảnh sát Raccoon, anh ta vừa thất tình do chia tay bạn gái nên quyết tâm đi nhận nhiệm vụ luôn. Còn Claire là em gái của Chris Redfield, do anh trai không có liên lạc gì từ khi sang Châu Âu, nên Claire dự định đến Raccoon để tìm hiểu cho rõ.
Hai người này vô tình gặp nhau tại trạm xăng bên ngoài thành phố, bị tấn công bởi những con Zombie gần đó. Trong lúc cố gắng di chuyển vào trung tâm Raccoon, một chiếc xe bồn chở xăng đã tông trúng xe của Leon, khiến cho cả hai người này bị tách nhau ra, dù vậy bọn họ vẫn có điểm hẹn chung là sở cảnh sát.
Thực tế theo dòng thời gian cốt truyện Resident Evil, thì Leon và Claire lên đường tới Raccoon sau Jill, nhưng Resident Evil 2 lại ra mắt trước Resident Evil 3, cộng thêm việc đánh số nên người lầm tưởng về thứ tự xuất hiện của các nhân vật này.
Leon là người tới sở cảnh sát Raccoon trước, lúc này số lượng người còn sống tại đây không vượt quá nổi một bàn tay, anh ta Marvin Branagh và được ông ta cho biết lúc trước sở cảnh sát vốn là một viện bảo tàng, có rất nhiều đường hầm ẩn nối ra phía ngoài, đã có một số người trốn được nhờ vào những đường hầm này. Bản thân Marvin Branagh cũng đã bị thương bởi Zombie, biết mình không còn sống được bao lâu, nên Marvin hối thúc Leon nên nhanh chóng tìm đường thoát thân.
Tuy vậy Zombie không phải là mối lo duy nhất của Leon, như đã nói ở trên Umbrella đã nhân thảm họa ở Raccoon để thả rất nhiều vật thí nghiệm, một trong số đó là những con Tyrant mẫu T-103 (loại này có thể nhân bản vô tính). Những con T-103 này có nhiệm vụ thu hồi G-virus, đồng thời giết tất cả những gì xuất hiện trước mặt. Leon xui xẻo đụng phải một con T-103 với mật danh Mr.X, để rồi bị nó săn đuổi trối chết suốt thời gian sau đó.
Nhờ các chỉ dẫn từ Marvin thì Leon cũng tìm được hầm ngầm bí mật, nó nối ra bãi giữ xe của sở cảnh sát, nhưng Leon bị William Birkin – hay nói đúng hơn là con G-monster chặn đường. Tế bào G-virus đã phát triển rất mạnh, biến cơ thể Birkin phình lớn với con mắt màu đỏ đặc trưng trên vai. Đây mới chỉ là hình dạng sơ khai của G-virus, cho nên Leon vẫn có thể dùng súng đuổi con quái vật này đi.
Leon tình cờ gặp Ada Wong ở bãi đậu xe, cô ta cứu anh chàng khỏi mấy con Ceberus và nói dối rằng mình là nhân viên FBI, được cử tới để điều tra về thảm họa thành phố. Về sau Ada còn cứu mạng Leon khi anh sắp bị Mr.X bẻ cổ, nên hai người này bắt đầu hợp tác với nhau.
Về phần Claire Redfield thì sau khi chia tay Leon, cô ta cũng tìm được đường vào sở cảnh sát và vô tình gặp Sherry Birkin – con gái của William và Annette Birkin. Sherry sở hữu một thứ vô cùng quan trọng, đó là một mẫu G-virus nằm trong chiếc dây chuyền, cô bé không những bị Umbrella nhắm vào, mà có cả lão sếp Brian Irons nữa.
Trong suốt ngày 27 tới 29, sau khi phong tỏa trụ sở cảnh sát, Brian Irons đã bắt đầu cầm súng đi lùng sục và giết những ai bị mắc kẹt lại. Đi săn và lấy tiêu bản chiến lợi phẩm vốn là sở thích của lão, sau khi có tiền mua chuộc từ Umbrella, Brian Irons đã nâng nó lên một tầm cao hơn, khi chuyển sang giết người và ướp xác. Trong những ngày Zombie tràn ngập thành phố, tên điên này đã cầm súng đi săn lùng và giết chết từng viên cảnh sát mà lão gặp, như một cuộc săn đích thực.
Brian Irons cũng đã giết con gái Katherine của thị trưởng Michael Warren và để xác trong văn phòng, với ý định ướp xác cô gái trẻ này, giờ đây mục tiêu của lão là chiếc huy hiệu có chứa G-virus của Sherry.
Khi Claire đuổi theo Brian Irons, thì con G-monster cũng lần tới chỗ này, nó tấn công Brian Irons đúng lúc ông ta đang đe dọa Sherry. G-virus có một điểm yếu rất lớn trong cốt truyện Resident Evil, đó là nó không thể lây nhiễm theo cách thông thường như T-virus, mà phải cấy kí sinh trùng là các phôi của mình vào vật chủ.
Không phải vật chủ nào cũng thích hợp, ví dụ như trường hợp của Brian Irons thì lão đã bị con kí sinh trùng G phá nát nội tạng tới chết, chỉ những ai có quan hệ huyết thống với vật chủ của G-monster – trong trường hợp này thì Sherry là con gái của William Birkin, nên nó mới bám theo cô bé như vậy. Sherry cũng bị nhiễm kí sinh trùng G, nếu không có thuốc chữa cái phôi sẽ lớn lên và giết chết vật chủ, trước khi phát triển thành một con G-monster mới giống trường hợp William Birkin.
Claire đã mang theo Claire và tìm đường tới NEST, tại đây cô bé được mẹ Annette Birkin chữa khỏi, nhưng bản thân bà ta cũng bị con G-monster tấn công tới chết, giờ đây là lúc thoát ra khỏi thành phố Raccoon.
Quay trở lại với Leon và Ada, hai người này cũng đang tìm đường tới NEST, bọn họ bắt gặp Annette Birkin và bà ta tấn công làm Leon bị thương, Ada cũng bị không bắt được Annette mà còn bị kẹt dưới cống ngầm. Sau rất nhiều biến cố xảy ra và việc Leon cứu Ada, hai người này bắt đầu nảy sinh tình cảm với nhau, mặc dù Leon cũng bắt đầu nhận ra Ada vốn không phải FBI gì cả,
Ada cùng Leon đột nhập thành công vào NEST và thành công thu hồi G-virus, nhưng cùng lúc đó hệ thống tự hủy của NEST bắt đầu hoạt động. Ada quay trở lại với Leon và yêu cầu anh ta đưa ra mẫu G-virus, trong lúc hai người giằng co với nhau thì cấu trúc bên dưới vỡ vụn, khiến Ada rơi xuống mất dạng.
Leon buộc phải chạy thoát thân và bị Mr.X cản lại ở khu vực tàu điện, vốn anh ta không có vũ khí để đánh bại con Tyrant này, nhưng Ada vẫn còn sống và quay trở lại đưa cho Leon một khẩu rocket trước khi biến mất. Leon gặp lại Claire cùng Sherry, bọn họ lên chuyến tàu nội bộ của Umbrella để thoát ra khỏi thành phố. Con G-monster còn xuất hiện một lần cuối, nhưng sức ép từ vụ nổ của NEST đã giết chết.
Leon, Claire và Sherry cuối cùng cũng an toàn thoát ra khỏi Raccoon, mỗi người có dự định riêng. Claire nhanh chóng lên đường tiếp tục tìm anh trai Chris, về phần Leon và Sherry thì bị quân đội Mỹ đóng quân bên ngoài thành phố bắt giữ. Sherry được đưa vào diện bảo vệ nhân chứng, riêng Leon với việc sống sót bất ngờ sau thảm họa Zombie, anh ta được đề nghị trở thành đặc vụ chống khủng bố sinh hóa của chính phủ.
Từ ngày 29 tháng 9 tới đầu 30 tháng 9, các quan chức Thượng viện bắt đầu họp và ra quyết định đánh bom xóa sổ thành phố Raccoon. Trên thực tế đã không còn cách nào để cứu các người dân biến thành Zombie, hơn nữa cả Umbrella và chính phủ, đều muốn dùng bom nhiệt hạch để xóa toàn bộ dấu vết về việc phát triển vũ khí sinh học, cũng như ngăn cho nó khỏi rơi vào tay các lực lượng đối lập nước ngoài. Lệnh cấm bay được ban hành trên không phận Raccoon, radio bắt đầu phát những thông báo cuối cùng cho ai còn sống sót cần nhanh chóng rời đi, lực lượng không quân được điều động ngay sau đó.
Mặc dù đội USS của Umbrella gần như đã bị toàn diệt, nhưng đội trưởng HUNK vẫn còn sống, ông ta trốn khỏi con G-monster dưới lòng cống ngầm. HUNK nhận được radio về việc đánh bom Raccoon, do đó đã chạy một mạch từ dưới cống ngầm lên trước cổng trụ sở cảnh sát, tại đây Umbrella đã cử một máy bay đến đón HUNK và cả mẫu G-virus mà ông ta còn giữ được.
Một nhân vật chính khác vẫn còn bị mắc kẹt là Jill Valentine, sau khi được Carlos mang thuốc giải khống chế virus, cô ta cũng lên kế hoạch thoát thân trước khi thành phố bị đánh bom. Cô ta đi vòng sang khu xử lý chất thải, vô tình đúng ngay vị trí mà đội Delta bị tiêu diệt lúc trước, con Nemesis lúc này đã hấp thụ các xác cũng những con T-103 gần đó, để tiến hóa lớn hơn rất nhiều.
Nhờ khẩu Sword of Paracelsus, Jill đã bắn tan xác Nemesis trước khi kết liễu nó bằng Magnum. Jill cùng với Carlos chạy lên bãi đỗ trực thăng, may mắn cho họ là Barry Burton đã chờ sẵn ở đó để cứu hai người ra, chỉ vài phút trước khi bom nhiệt hạch đánh vào Raccoon và biến chỗ này thành tro bụi.
Trừ những cá nhân ít ỏi kịp thoát ra khỏi thành phố, thì hơn một trăm ngàn dân thường hoặc là chết bởi virus và biến thành Zombie, còn không cũng bị thiêu sống bởi bom nhiệt hạch, thành phố Raccoon chính thức bị xóa sổ. Chính phủ Mỹ đã ra sức che đậy và giấu kín tai nạn này, toàn bộ phạm vi vài chục cây số xung quanh được đặt dưới lệnh giới nghiêm, không một ai được tiến vào.
Với thảm họa tại Raccoon, chính phủ Mỹ cũng chấm dứt luôn việc hợp tác với Umbrella về vũ khí sinh học, không lâu sau đó công ty này cũng bị hàng loạt các lệnh cấm nhắm tới, khiến cho nó không thể kinh doanh tại Mỹ và phá sản sau đó vài năm. Tuy vậy hậu quả mà Raccoon để lại là cực kỳ lớn, khi rất nhiều mẫu virus và B.O.W bị tuồn ra ngoài, cộng thêm sự sụp đổ của Umbrella cũng khiến cho các nhân sự cấp cao của công ty này chuyển sang thị trường chợ đen, cũng như trở thành khủng bố sinh học.
Hơn một trăm ngàn người dân vô tội đã bỏ mạng tại Raccoon, biến nó thành thảm họa khủng khiếp nhất trong cốt truyện Resident Evil, nhưng mọi việc vẫn chỉ là khởi đầu, cho những sự kiện kinh hoàng khác trong tương lai.